曾有法官表示，“看了判決書感覺不是你的兒子干的，但是這個案子只能這樣了”。此前一位代理律師對馬玉萍說，“你兒子自己都認了，還能說什么”。李遜律師認為此案有諸多疑點：案件被認定為強奸案，但受害者身上未提取到精液和其他身體物質(zhì);張志超前后9次詢問筆錄中口供不一致，供述不穩(wěn)定，比如對于受害者的衣著就出現(xiàn)多次變化;本案證明張志超作案的物證稀缺，唯一的物證是被認為插入死者肛門的木棒，但上面卻未提取受害者的相關(guān)物質(zhì)和張志超指紋;此外，李遜認為張志超的作案時間和警方認定的犯罪現(xiàn)場均存疑。
王殿學是為張志超提供申訴服務的律師之一。他說，案件的疑點太多了。首先，偵查實驗表明，張志超無法在判決書認定的時間里，完成一系列犯罪行為：“比如說根據(jù)臨沂市中級人民法院當年的判決書，張志超大約在三分半的時間里，需要完成強奸、殺人、藏尸、交代同案犯不報案，同時還要跑下樓，穿過跑操的學生，去小賣部買一把鎖回來把門鎖上。這個我們做過實驗，僅僅跑下去買鎖，即便不穿過(上早操的)學生，上面沒有一個人(的情況下)，這個時間也是完不成的。”
而且判決書認定張志超實施強奸行為的地點，是在一個隨時有人員活動的樓道里，王殿學認為，這有違常理：“樓下那個小賣部的店主也作證。他的這個小賣部是早上七點多才開門，而判決書寫的他去買鎖的時間是六點二十多分，那么這個業(yè)主已經(jīng)證明了，他6:20多是從來沒有開過張的，店主也是不可能去賣鎖的。”
在王殿學看來，還有一個非常重大的疑點是，證人證言所說的死者遇害前所穿的衣服，與案發(fā)現(xiàn)場所穿的衣服，完全不同：“根據(jù)死者當天早上進入學校的時候，跟她一起進入校園，并且頭一天晚上住在一起的一個女生(在案發(fā))，當天向公安做的一個筆錄提到，死者穿的衣服是黃色的棉衣，白色的褲子，而在死亡現(xiàn)場，她(死者)穿的衣服是紅色的棉衣，藍色的褲子。那么非常明顯，死者是不可能在進了學校十幾分鐘遇害之后，再換一身衣服的，那么這也是非常重大的一個疑點。”
