清代的巡撫職位在官制中屬于正二品大員，這是一個眾所周知的事實。然而，清朝的巡撫并非全部都是正二品，有些巡撫的品級可能是從一品，還有一部分是從二品。
巡撫職位的規(guī)定在清代官制中頗為復雜。巡撫原本是被定位為從二品，但若同時兼任兵部侍郎或都察院右副都御史，就能晉升為真正的二品官員。然而，這種官位的地位并不完全正統(tǒng)，吏部文選司稱之為“從二品加正二品銜”，在各部侍郎之下地位稍低。
到了乾隆時期，清代官制已經(jīng)相當成熟。全國各地的督撫職務和各類銜職在這個時期逐漸固定下來，形成了“八督十五撫”的格局。在18個省份中，直隸、四川和甘肅三省的督撫兼任巡撫。乾隆十四年，規(guī)定巡撫除了由侍郎擔任的以外，其他人都應加上右副都御使的銜位（正三品），至于是否要加上侍郎的銜位，則需要吏部請旨。
在清代，巡撫兼任侍郎的情況已經(jīng)成為慣例。正是由于這種兼任關系，巡撫被稱為“部院”。唯有山西、山東和河南等省份是特例，這三個省因為清代官制中的一些規(guī)定，其中包括巡撫的品級。
盡管如此，巡撫畢竟與總督不同，法律上并沒有賦予他軍事權(quán)力，因此他不能掌握轄區(qū)內(nèi)的綠營將領，這給日常工作帶來了很多不便之處。
在雍正十二年，朝廷決定山西巡撫兼任提督銜，以便控制通省的武職。這也是自大清開國以來，首次有巡撫擔任兼提督銜的情況。河南、山東兩省的巡撫看到雍正時期的統(tǒng)治并不十分穩(wěn)定，感到很不安。到了乾隆五年，河南巡撫率先上奏，請求朝廷仿照山西的例子，加上提督銜。乾隆考慮再三后同意了他的請求。乾隆八年，山東巡撫也被授予了提督的銜位。
提督的地位可不容小覷，品級上提督是從一品大員，是各省綠營的最高長官。因此，三省的巡撫在這時擁有了提督的銜位，地位高于其他省份的巡撫。有了提督的銜位，品級不再是“從二品”，而是“從一品”，其性質(zhì)和總督兼兵部尚書的銜位相同。
需要注意的是，各省的巡撫全銜中，并沒有稱呼他們?yōu)閺囊黄反髥T，這是為了與總督加以區(qū)別，這也是御史為從一品打上引號的原因之一。
至于從二品的巡撫，其中包括了臺灣和新疆的巡撫。這兩個地區(qū)在清代的地位相對較低，巡撫的品級是從二品。新疆建省較晚，直到乾隆皇帝收復新疆后才開始。在乾隆時期，新疆巡撫的品級不如其他省份的巡撫，他們只是加了都察院右副都御史的銜頭，沒有兵部侍郎的銜頭，因此最終成為了從二品的巡撫。
臺灣巡撫的情況也類似，設立于光緒十一年，全稱是“福建臺灣巡撫”。臺灣巡撫的品級同樣不及其他巡撫，他們也只是從二品。臺灣巡撫的設立導致過去的福建巡撫被裁撤，由閩浙總督兼管巡撫事務。
